正如九月十七日主日三钟经祈祷前讲话中所承诺的，教宗本笃十六世在今天公开接见活动中，进一步深入地阐述了本次牧灵访问以及此间发表的讲话，再次重申了他已经反复阐明的，因为是在大学的演讲，所以，其内容和措词上更多体现了学术性的特色——教宗在讲话中还宣布，将专门发表注解。引发抗议的句子是援引一段中世纪皇帝的话，旨在将听众“引入极其艰难的和现实性的话题”；“我绝对无意用中世纪皇帝的那番消极言论来表达我的观点”。教宗继续表示，“我极其尊重其他宗教，特别是信仰唯一上主的穆斯林信徒。我们与他们一道努力合作捍卫权利、和平与自由”。

       教宗本笃十六世继续补充说，希望“在最初的反应之后”，他的话能够“促进各不同宗教之间的，以及现代理性和基督信仰之间的积极对话，也是自我批评式的对话”。

       在谈到故乡德国巴伐利亚州之行时，教宗表示，“在我曾经执教多年的雷根思堡大学的师生面前讲课那一天的经历格外美好。我满怀喜悦地得以再次接触到大学学府的氛围。在我的一生中的一段很长的岁月里，这里曾经是我的精神归宿。那天讲的题目是信仰和理性。为了将听众引入极其艰难的和现实性的话题。为此，我引用了一段十四世纪基督信仰伊斯兰之间的对话。这其中，基督信徒拜占庭皇帝厄马努尔二世帕莱奥洛古斯以对我们来说难以理解的粗暴方式，向伊斯兰信徒揭示了宗教与暴力之间的关系问题。很遗憾，引用这段话引起了误会”。但是，教宗继续强调，“对于细心的读者来说，这段话明确表达了我绝对无意用中世纪皇帝的那番消极言论来表达我的观点。我的本意是截然不同的，我原本是从厄马努尔二世帕莱奥洛古斯以后那句表示理性应该引导信仰的传播的积极的话开始，来解释宗教与理性并存，而非宗教与暴力并存。我讲课的主题——回应大学的使命——是阐述信仰与理性的关系：我旨在邀请基督信仰与现代世界、与所有宗教展开对话。我希望在我此行的几次讲话中（例如在慕尼黑，我强调了应该尊重被其他人视为神圣的东西的重要性），能够明确体现出我对各大宗教的极其尊重，特别是信奉‘惟一天主’的穆斯林的极其尊重，与他们一道‘共同卫护及促进人类的社会正义、道德秩序、和平与自由《教会对非基督宗教态度宣言Nostra Aetate 3》’”。

       最后，教宗表示，“为此，我希望在德国雷根思堡大学讲话最初激起的反应之后，能够促进各不同宗教之间的，以及现代理性和基督信仰之间的积极对话，也是自我批评式的对话”。