一二一九年，圣方济各前往圣地，会晤了穆斯林酋长美雷克-艾尔-卡美尔。这是在他决定在圣地建立方济各会省会之后两年成行的。他的信念是，人类的一切问题，都可以在福音的光照下得到解决：“我们向所有的人宣讲福音。”当时，因十字军的缘故，省会得到了发展，其管辖范围包括了从埃及到希腊的整个东南地中海地区。一二六三年，组成名为“守卫团”的牧灵区域。一二九一年，圣乔瓦尼·达阿克利沦陷后，标志着巴勒斯坦彻底落入伊斯兰手中。方济各会士迁往塞蒲路斯。
一三O九年，穆斯林酋长比巴尔二世允许方济各会士留在晚餐厅、圣墓和伯利恒。一三三六年，在纳波里国王的支持下，方济各会士们最终重新回到了圣地；并获得了一切必要的法律手续。一三四二年，教宗克莱门特六世颁布“Gratis Agimus”和“Nuper Carissimæ”两道宗座训令，正式承认了方济各会士的圣地守卫团资格。从那时起，晚餐厅成为方济各会圣地守卫团的总部所在地。一五一一年，方济各会士被赶出了熙雍山。自一五六O年起，耶路撒冷的圣救世主会院成为圣地守卫团的总部，直到今天。
圣地守卫团在以色列、约旦、叙利亚、埃及、黎巴嫩、塞蒲路斯和罗蒂开展工作。会士共有大约三百多人，分别来自三十二个国家和地区，五十九个不同方济各会省会。
圣地守卫团的主要任务是按照最初所领受的使命，守护圣地。此外，圣地还负责接待和陪伴朝圣的教友们。他们肩负着守护圣墓、伯利恒圣地、纳匝勒和其他七十四处圣地的牧灵工作。这中间包括了五所圣殿、六十所圣堂、四十三所小圣堂、二十九个堂区。方济各会士们开办了十六所学校，招收了一万多名学生，并拥有著名的耶路撒冷方济各会圣经学院。