十一月三日，吴淑珍因涉嫌诈取总额至少为1,480万新台币的国务机要费而遭到起诉；陈水扁也被列为共犯。负责侦办国务机要费案件的检察官指出，有足够的证据治陈水扁的罪。但是，因其享有总统豁免权才没有被提起诉讼。

十一月五日，陈水扁在电视节目中为自己和家人辩护，指被挪用的国务机要费“都用在了秘密外交上”。为了不破坏台湾的外交战略利益，他不能公开不明款项的去向。陈水扁还在电视直播中承诺，只要他的妻子被证实有罪，他会下台。

陈水扁表示，对其贪污指控是中国旨在“孤立台湾”的阴谋。今年六月和十月，台湾反对派国民党两次因腐败贪污在立法院提出了罢免陈水扁的议案。但是这一次，负责侦办国务机要费的检察官却是陈水扁深绿阵营的前民进党员陈瑞仁。国民党要求民进党成员，支持很可能在十一月底正式投票表决的罢免案。罢免案，为公民表决要求总统下台开辟了道路。

根据罢免程序，需立法院三分之二的议员投票通过才能生效。为此，需要至少民进党或者绿营的十二票才能通过。

       除个别党员表示不满外，民进党仍然决定死保陈水扁。民进党的盟党台联党已经开始考虑放弃保扁，正式谴责陈水扁的腐败行径。但是，其选民纷纷向党部打来电话，要求力保陈水扁。

       据最新分析，所有的系列行动旨在在下月举行的台北市政选举之际削弱民进党的势力。