一九九O年，阿列克谢二世正式成为俄罗斯东正教会宗主教；也是首位在没有俄罗斯政府影响下选举产生的宗主教。鉴于国家民族经受了几十年前苏共的压制，阿列克谢二世生前积极致力于恢复重建俄罗斯东正教会的自由以及道德权威的地位。但是，许多曾在前苏联时代遭遇逮捕、被关集中营的东正教会司铎，指责他是苏联秘密警察克格勃的间谍。