捍卫人权人士和组织指出，“歧视性的宗教法规”和“不宽容的宗教气氛”直接危害着非穆斯林信徒。穆沙拉夫总统谴责了残暴的手段，但是，为制止暴力而采取的行动却遭到了“失败”。

       巴基斯坦的最新发展状况表明，以宗教为名的地方冲突不断。自巴基斯坦于一九九一年开始实施奠定在伊斯兰可兰经基础上的宗教法律沙里亚后，伊斯兰极端势力针对少数派宗教信仰团体发起的暴力和侵犯行径不断增加。一九九七年，三万多名极端势力伊斯兰分子向旁遮普邦的裳迪纳嘉村基督信徒发起进攻。他们摧毁了1,500所住房；80%的村子被他们付之一炬、卡内瓦尔附近的十四所圣堂被夷为平地。

       此外，宗教歧视现象还体现在日常工作的方方面面。个别地区的餐馆老板，在招待客人前先要询问客人的宗教信仰。更有甚者，古兰瓦拉郊外哈费扎巴德一家餐馆的老板，甚至将穆斯林和非穆斯林客人的餐具和卫生间分开。

       然而，历史上的巴基斯坦并非如此。自独立至今，巴基斯坦的“伊斯兰化”现象正在逐渐增长起来。一九四七年，巴基斯坦的建国之父穆罕默德·阿里·真纳立法指出，全体公民“不分种族、阶层、性别和宗教信仰”享有同等的权利与义务。并确保进行“宗教活动的自由”。因为，宗教活动“不属于国家事务的范围”；宪法中更再次确定巴基斯坦共和国的诞生。但是，几年后，国内的政治领导人和宗教领袖们背离了建国之父指引的方向。

       一九六四年，阿尤布·汗废除宪法、施行军事管制，并在国名前加上了“伊斯兰”。从此，便有了巴基斯坦伊斯兰共和国。宪法中纳入了可兰经的内容。

       九年后，伊斯兰成为国教。甚至强迫非穆斯林遵守伊斯兰宗教的教规。基督信徒和被传统穆斯林保守派视为异端的阿马迪斯派在政治、经济、社会与文化生活遭到排斥。现行宪法中规定，总统和总理都应是穆斯林信徒；国家高级公务员应宣誓忠实于“伊斯兰意识形态”。

       宗教领袖们继续在推广“伊斯兰化”运动，并利用极端手段Ordinanze Hudood，以及各种沉重打击国内非穆斯林信徒的规章制度。

       引入沙里亚后，凡是从伊斯兰改信其他宗教的人，面临着死刑的危险；独立的选举制度进一步助长了宗教歧视；严重阻挠民主机制的建立。在巴基斯坦根本不存在非宗教性的民事婚姻；如果没有举行宗教仪式，婚姻是无效的。如果一名男子皈依伊斯兰，那么，他以前的婚姻继续有效。但是，如果一名女性皈依伊斯兰，她在此之前以其他宗教礼节进行的婚礼将失效。如果她的丈夫没有皈依伊斯兰，那么，她的子女则是“非法的”；否则，这名妇女就要选择离异。

       巴基斯坦政府为促进宗教自由而成立的宗教事务部，根据可兰经的原则处理事务；30%的财政预算用于少数派宗教信仰。但是，巴基斯坦天主教主教团所属的正义与和平委员会否认了这一数字。委员会指出，事实上，政府为少数派宗教信仰团体的实际开支数字只有17%。